Desde el 1 de septiembre de 2025, todas las empresas que operan en Costa Rica, salvo las que gozan de prórroga, deben emitir los comprobantes electrónicos versión 4.4, según lo estableció la Dirección General de Tributación (DGT) mediante la resolución MH-DGT-RES-0027-2024 y el reglamento de comprobantes electrónicos N.º 44739-H.
Esta actualización normativa forma parte del proceso de modernización tributaria impulsado por el Ministerio de Hacienda bajo el proyecto Hacienda Digital, y tiene como objetivo fortalecer el control fiscal, mejorar la trazabilidad de las exoneraciones y facilitar la automatización de las declaraciones tributarias, especialmente las relacionadas con el impuesto al valor agregado (IVA).

Ahora bien, aunque la resolución MH-DGT-RES-0027-2024 contempla lo que deben aplicar las empresas de zonas francas, un reciente criterio de la Dirección General de Tributación (DGT) aclara el tratamiento que deben tener los comprobantes electrónicos cuando se aplica la inversión del sujeto pasivo en la adquisición de servicios de proveedores no domiciliados.
El abecé del nuevo comprobante
Para comenzar es importante señalar que la versión 4.4 introduce campos específicos en el archivo XML que permiten identificar con precisión las operaciones exentas de IVA y aquellas que están amparadas por regímenes especiales, como el de zonas francas. Esto representa un cambio sustancial respecto a las versiones anteriores del comprobante electrónico, donde dichas transacciones se registraban de forma genérica, lo que dificultaba su fiscalización.
Entre los principales ajustes de la versión 4.4 destacan:
- Clasificación detallada del IVA por línea de producto o servicio, incluyendo tarifas diferenciadas (13%, 4%, 2%, 1%, 0%) y el fundamento legal correspondiente.
- Campos obligatorios para justificar las exoneraciones y operaciones no sujetas al impuesto.
- Identificación del proveedor del sistema de facturación, lo que permite a la DGT validar automáticamente el cumplimiento normativo.
- Desglose de combos y paquetes promocionales con detalle individual de cada ítem incluido.
Además, uno de los aspectos relevantes para las empresas del Régimen de Zonas Francas es la obligación o no de aplicar la inversión del sujeto pasivo en la adquisición de bienes intangibles (como licencias, software, derechos de uso) y servicios (consultoría, soporte técnico, etc.) provenientes de proveedores no domiciliados en el territorio nacional.
Esto se aplica porque la inversión del sujeto pasivo, también llamada autorepercusión del sujeto pasivo, implica que el responsable de declarar y pagar el IVA no es el proveedor extranjero, sino la empresa costarricense que recibe el servicio o adquiere el bien intangible. Este mecanismo está regulado por la Ley de Fortalecimiento de las Finanzas Públicas (N.º 9.635) en el capítulo del IVA y se aplica cuando:
- El proveedor no está domiciliado ni establecido en Costa Rica.
- El servicio o bien intangible es utilizado en el territorio nacional.
- El adquirente es un contribuyente registrado como empresa bajo el Régimen de Zonas Francas.
¿Qué dijo la DGT?
Sin embargo, ante una consulta realizada por una empresa de zonas francas, bajo el artículo 119 del Código de Normas y Procedimientos Administrativos, la Dirección General de Tributación (DGT) señala que a las empresas que operan bajo este régimen no les aplica realizar la inversión del sujeto pasivo, ya que mantienen la exención del IVA sobre las compras de bienes y servicios con proveedores no domiciliados. Por lo tanto, estas compañías no tienen la obligación de emitir facturas electrónicas de compra para dichas adquisiciones y el único comprobante válido es la factura emitida por el proveedor extranjero.
Ahora bien, esta nueva disposición aplica pese a que la versión 4.4 de comprobantes electrónicos establece la obligación de emitir facturas electrónicas de compra cuando se adquieren bienes intangibles o servicios de proveedores no domiciliados.
Aquí es importante aclarar que la exención del IVA no se extiende a las operaciones de ventas nacionales efectuadas por las empresas o si la adquisición del servicio o del bien intangible no está relacionada con la actividad autorizada en el acuerdo ejecutivo.
Recomendaciones
En este contexto, las compañías deben realizar una revisión exhaustiva de sus sistemas de facturación, para asegurarse de que estos capturen correctamente los nuevos campos del formato XML 4.4. Además, se recomienda:
- Capacitar al personal contable y fiscal sobre los cambios estructurales y operativos.
- Actualizar los sistemas ERP o software de facturación para garantizar compatibilidad con la nueva versión.
- Verificar la correcta clasificación de actividades económicas según los códigos CIIU 4.
- Implementar controles internos para validar la correcta aplicación de exoneraciones y tarifas reducidas.
La obligatoriedad del comprobante electrónico 4.4 representa un paso decisivo hacia una fiscalización más precisa y automatizada en Costa Rica. Para las empresas en Régimen de Zonas Francas, este cambio no solo implica una adaptación tecnológica, sino también una responsabilidad tributaria ampliada en cuanto a la correcta documentación de sus operaciones exentas. Sin duda alguna, el cumplimiento oportuno será clave para evitar sanciones y asegurar la continuidad operativa bajo los beneficios del régimen.
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La autora es presidenta del Consejo de Deloitte Spanish Latin America